Der Stadtpräsident Alec von Graffenried repräsentiert die Stadt nach innen und aussen. Das Generalsekretariat unterstützt den Stadtpräsidenten in der Leitung der Direktion und koordiniert die Tätigkeit der verschiedenen Abteilungen. Die Abteilung Personal, Finanzen und Digitale Entwicklung ist für die Ressourcen und die Berufsbildung der Präsidialdirektion sowie die digitale Entwicklung in der Stadt Bern verantwortlich.

Die Fachstelle für Gleichstellung in Geschlechterfragen setzt sich inner- und ausserhalb der Stadtverwaltung für die tatsächliche Gleichstellung von Frauen und Männern sowie von Lesben, Schwulen, Bisexuellen, transidenten, intergeschlechtlichen und queeren (LGBTIQ) Menschen ein. Die Abteilung Aussenbeziehungen und Statistik pflegt die Aussenbeziehungen, ist zuständig für das politische Controlling und führt statistische Erhebungen und Auswertungen durch. Das Wirtschaftsamt unterstützt die Erhaltung bestehender und die Schaffung neuer Arbeitsplätze sowie die Promotion des Wirtschaftsstandorts Region Bern. Kultur Stadt Bern erarbeitet kulturpolitische Grundlagen und fördert das zeitgenössische Kulturschaffen.

Während die Denkmalpflege schützenswerte Bauten, Anlagen und Interieurs zu erhalten sucht, erarbeitet das Stadtplanungsamt die Grundlagen für die räumlich-bauliche und grünplanerische Entwicklung der Stadt. Hochbau Stadt Bern ist das Kompetenzzentrum für die Planung und Projektabwicklung von öffentlichen Hochbauten in hoher architektonisch-städtebaulicher Qualität und für Wettbewerbe.